Wong gặp Justin Hakuta, phó chủ tịch mảng sản phẩm tại công ty chăm sóc sức khỏe GoodRx và là con trai của nhà phát minh Ken Hakuta, tại một đám cưới của người quen năm 2010.[36] Họ cưới nhau năm 2014,[37] và có hai con gái là Mari and Nikki.[38] Wong đã khá cởi mở về việc sẩy thai một cặp sinh đôi trước khi đậu thai với đứa con gái đầu lòng. Cô nói rằng việc thả miếng về việc sảy thai khi diễn hài đã giúp cô nhẹ lòng hơn.[17]

Tháng 4 năm 2022, Wong và Hakuta tuyên bố đã ký đơn li dị.[39][40]